Česká vláda očekává, že Brexit bude stát Českou republiku 0,5 procenta HDP. Obává se, že zahraniční obchod by mohl ztratit 0,25 procenta, a tento pokles by se mohl promítnout do ztráty až 1.600 pracovních míst. Nejsilněji dopadnou následky odchodu Británie z EU na automobilový průmysl, následovat bude strojírenství a elektronika. Brexit zanechá také díru v rozpočtu EU, protože Británie byla čistým plátcem. Vláda odhaduje, že by české dotace z EU mohly klesnout až o 107 miliard korun.
