CzechInvest se od ledna 2016 rozdělí. Změnu si podle serveru aktualne.cz vyžádala Evropská komise, podle níž musí organizace rozdělující unijní dotace, spadat pod služební zákon. Vláda schválila návrh ministerstva průmyslu a obchodu na založení Agentury pro podnikání a inovace, která bude administrovat unijní fondy spadající pod toto ministerstvo. Do nově vzniklé agentury přejde 130 lidí, to je zhruba polovina zaměstnanců CzechInvestu. Zbytek CzechInvestu se bude nadále zabývat svojí původní činností: zprostředkováním investičních projektů v Česku. Evropská komise by bez této změny neschválila nový Operační program Podnikání a inovace.
